Le Comité exécutif de contrôle (EOC) est un organe représentatif de la direction du Comité directeur, composé du président et du vice-président du Comité directeur, des deux présidents des sous-comités permanents et du PDG. L'EOC se réunit régulièrement, entre les réunions du Comité de pilotage, pour traiter les questions urgentes et prendre des mesures rapides si nécessaire. L'EOC dispose d'un pouvoir de décision délégué pour agir au nom du Comité de direction afin de traiter les questions urgentes et d'aider le Secrétariat à prendre des mesures opportunes.
Les sous-comités dirigent la majeure partie des activités de SWA. Il existe deux sous-comités permanents : un sur la gouvernance et les finances, et un second sur la stratégie et le programme. Les sous-comités sont responsables devant le comité de pilotage.
Les sous-comités organisent leur champ d'activités par le biais de groupes de travail, qui ont un horizon à long terme pour leurs activités. Les groupes de travail sont responsables devant leur sous-comité respectif.